在明末清初，一共出现了五个南明政权，弘光、隆武、鲁王、绍武都只是昙花一现，几乎没有给清军的南下造成任何阻力就宣告灭亡了。而永历南明政权不断在大西南转战，历时14年，远远超过其他南明政权的寿命。永历政权结合了大顺、大西军的残余势力，掀起了两次抗清的高潮，在历史上谱写下了许多可歌可泣的片段，涌现了许多民族英雄。然而，永历作为旧朝的残余力量，其本身的属性并未改变，因此也不可避免地走向失败。

　　1646年，清军南下福建，郑芝龙投降，标志着隆武南明政权结束了。清军在三年之内消灭了三个南明政权，击溃了李自成和张献忠的割据势力，占据了整个中原以及东南沿海地区，进展可谓神速。这时候，明朝、大顺、大西、郑氏四大集团的残余势力终于走到了一起，开始了新一轮的抗清斗争。

　　这一年在广东出现了两个南明政权，分别是绍武政权和永历政权。十一月初，唐王朱聿键的四弟朱聿鐭在广州被拥立为帝，年号“绍武”；十一月中旬，桂王朱由榔在肇庆被拥立为帝，年号“永历”。

　　天下大乱，民心不附，现在又搞出了两个政权，必然会步唐王、鲁王两个政权内斗的后尘了。果不其然，两个南明政权首先做的事情不是为了抗击清军，而是为争夺正统而大打出手。十二月，两大政权爆发战争，在广东一带反复厮杀。

　　这可把清军看乐了，十二月中秋节，清朝两广总督佟养甲和提督李成栋南下广州，绍武政权宣告灭亡。这可算清军给永历政权送了一份大礼，随后的南明因只剩下一个永历政权，内斗暂时得以消除。这算是“因祸得福”吗？

　　永历帝朱由榔，世袭桂王，封地在衡阳。1643年，张献忠攻陷衡阳，朱由榔逃亡了广西梧州。1646年十月，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜等拥立朱由榔为“监国”，到十一月称帝。当时的朱由榔才24岁，理应能够担此大任，然而他“遇事毫无主见，用人又不当，实在承担不起重任。”

　　当清军占领广州后，朱由榔惊慌失措，赶紧逃到了梧州，接着又逃往了桂林、全州。朱由榔一逃，清军接踵而至，广东全境陷落。1647年，清军两次进攻桂林，遭到了桂林守将瞿式耜、焦琏的顽强反击，因而广西得以保全，永历政权得以稍微安定。

　　可好景不长，清军正在酝酿更大规模的进攻。在1646年，多尔衮命令“平南大将军”孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜等统率满汉大军南下，目标是夺取整个湖南。在清军的猛攻之下，湖南何腾蛟的“十三镇”军队接连失败。到1648年春，湖南全境被清军平定，三大汉军将领班师回朝，受到极高的待遇。

　　由于湖南陷落，永历帝又被迫迁回广西。在这个过程中，武冈总兵挟持了朱由榔，控制了朝政，又开始上演“挟天子以令诸侯”的故事了。

　　清军占据湖南后，形成了两面进取广西的态势，情况十分糟糕。不过转机也在低谷的时候出现。清军占据了东南半壁，对汉臣论功行赏，但是部分汉臣自觉受赏不均，于是心怀不满，进而发动叛变。1648年，广东的李成栋、江西金声桓等突然叛变归明，使得永历政权不费一刀一枪就得到两大后方抗清基地。

　　李成栋归明后，请求永历帝到广州，并设都于此。永历朝廷的官僚又担心李成栋挟持永历帝，于是选择居中方案，将两广之交的肇庆作为首都。

　　此后，清军又发动了第三次桂林之战。而瞿式耜、何腾蛟相互配合，英勇奋战，终于击退了清军，大大鼓舞了士气。清军主力撤出湖南后，湖北的大顺军残余军队在李赤心与高必正的带领下进入湖南，投入了永历怀抱。何腾蛟也趁机北上，占据了湖南南部。经过3个月的北伐，湖南除了长沙之外都已经被南明收复。

　　1648年汉军反叛以及大顺军归顺，使得南明出现了历史上第一次抗清高潮。永历政权得以收复广东、湖南和江西。然而，这次抗清高潮只是昙花一现而已。

　　大顺军虽然已经投归永历政权，但是永历官僚们对大顺军是千方百计地猜忌、防范、限制，拒绝给大顺军发放粮草，甚至试图改编大顺军，使得南明军和大顺军的矛盾激化。在南明内部，又出现“楚党”和“吴党”的斗争，两党不仅在朝廷上争论，还相互残杀，攻伐不断。

　　清朝遭遇了南下的挫折后，多尔衮立即作出了战略上的调整，将主要的精力用于镇压占领区的叛乱。他出台了禁止民间养马和私藏兵器的法令，限制抗清运动的扩大化；在占领区推行驻防制度，派遣大军镇守，以免再犯湖南得而复失的错误。

　　在用人上，推行“以汉制汉”，封孔有德为定南王，耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，提高汉臣的地位和自主权，避免出现汉将反叛的情况。随后，多尔衮派遣各路大军向江西、湖南、两广挺进。

　　在江西方面，多尔衮任命谭泰为“征南大将军”，带领满洲八旗军进攻。当时的金声桓正全力进攻赣州，谭泰采取“围魏救赵”的战术，包围江西省会南昌。金声桓听闻后舍弃赣州而救援南昌，结果被清军故意放入南昌城，遭到团团围困，最终粮草断绝，南昌也沦陷。随后清军趁胜攻下了江西各府。1649年三月，李成栋带领20万大军北上进攻赣州，被清军击败，李成栋在撤退过程中坠入河中溺死。至此，江西悉平，谭泰还朝。

　　在湖南方面，多尔衮任命济尔哈朗为“定远大将军”出征湖南。由于湖南方面的大顺军和南明军矛盾激化，大顺军不愿为南明而战。何腾蛟为了协调大顺军的关系，于是带领30人到湘潭谈判，结果大顺军引兵而去，湘潭成为空城，被清军包围。最终，何腾蛟被俘虏，绝食七天后被杀。很快，清军就占领了湖南全境和贵州东部地区。

　　两广方面，多尔衮让定南王孔有德带领2万军队出征广西，靖南王耿仲明和平南王尚可喜带领2万军队进攻广东。1650年十一月，清军攻破了广州城，南明军死亡6000人。广州城破后，耿仲明和尚可喜在此进行了大屠杀，数以万计的居民被杀害。广州沦陷后，两广的南明军队土崩瓦解，清军在当年就占领了两广全境。

　　两广沦陷后，标志着东南地区已经基本被清军占领，永历政权不得不转移到大西南地区，第一次抗清高潮至此结束。

　　永历帝转入大西南，而当时活动在大西南为大西军，永历进入大西南标志着两大势力的结合。1646年，张献忠的“大西”政权被清军消灭，张献忠战死，其部下的四名大将李定国、孙可望、刘文秀、艾能奇带领残余军队转战到了大西南，吸收了大量的当地百姓，队伍扩充到了20万，建立了比较稳固的大西南基地。

　　1650年之前，清军忙于对付东南一带的南明军队，因而忽视了对西南地区的进攻。在这几年，大西军以“兴朝”为年号，在西南地区推行屯田，鼓励垦荒，减免赋税，发展经济，使得西南地区出现了“物阜民安”、“士饱马腾”的局面，这给后续的抗清斗争提供了经济基础。1647年，孙可望就提出了“匡扶明室”的战略，其目的就是要和南明政权联合抗清。

　　1650年，永历帝走投无路，被迫接受了大西军“联合恢剿”的政策，转入了大西南。大西军也进行了妥协，接受了永历年号。随后，大西军将永乐帝安置在了贵州的安龙，并在此修建了行宫。

　　顺治此时也在为全国的统一做最后的部署。他册封吴三桂为平西王，命他进入四川，从北进攻大西军；孔有德则从广西方面对贵州发动进攻。孙可望决定分兵应敌，他让李定国、冯双礼带领8万军队进攻湖南和广西，刘文秀和白文选带领6万人进攻四川。

　　经过修养的大西军战斗力果然很强，两路大军旗开得胜。在1651年七月，李定国攻破了桂林，孔有德自焚而死，随后广西全境收复。顺治又立即任命敬谨亲王尼堪为定远大将军，率兵10万进军湖广。收复广西后，李定国进兵湖南，收复16军32州，击溃清军，斩杀尼堪，威震天下。刘文秀部也势如破竹地攻陷了四川大部分地区，吴三桂只能退守保宁。

　　另外，割据东南的郑成功也趁机北伐，对浙江，江苏等地发动了进攻，和大西军遥相呼应。在李定国东征时，郑成功攻长泰，打败清浙闽总督陈锦部，围攻漳州，牵制了清军的部分军队。不过郑成功未能进一步扩大战果，他的军阀特质使得他只能偏安一隅。

　　正当大西军掀起第二次抗清高潮的时候，大西政权也正在走向灭亡。孙可望将永历帝安置在安龙后，就试图称帝。但是他对李定国的势力非常忌惮。1654年，李定国遭遇清军主力进攻，请求孙可望支援，孙可望不发一兵一卒，坐视李定国兵败。随后，孙可望预谋称帝，永历帝和南明官僚商议秘密联合李定国保卫安龙。消息传出后，孙可望杀了南明十八位大臣，史称“十八人之狱”。

　　1656年，李定国带领大军进入安龙，带领永历帝转战到了云南。孙可望大怒，调动14万大军进攻李定国。关键时刻，孙可望的大将白文选叛变，与李定国到里成外合，击溃了孙可望的大军。孙可望见大西南已经没有了容身之处，就直接逃到长沙投降了清军。经过孙李之争，大西军的势力大为衰落，仅仅剩下云南一省的地盘了。

　　1658年，清朝三路大军从贵州进入云南，很快就占领了昆明。第二年，永历帝逃亡到了滇西，清军穷追不舍，在滇西一战中击溃大西军6000人，但是清军损失了万人，实乃惨胜，被顺治按照败仗来处置。此战后，大西军损失了三分之二的兵力，李定国和永历帝也走散了。永乐帝被迫逃到了缅甸，宣告永历政权正式灭亡。1661年，清军追击到缅甸边境，缅甸在清军的威慑下交出了永乐帝。1662年，永历帝被处死，李定国也在病死，残余部队向清军投降。

　　从1646年到1659年，永历南明政权先后和大顺军、大西军融合，在华南，西南转战了14年，最终还是被清朝所灭。永历政权的灭亡和其他的南明政权如出一辙，都是内斗导致的。永历政权之所以能够坚持14年，其主要的原因是联合了大西军，但是也因为大西军而崩溃。历史上先后的出现的五个南明政权，除了弘光之外，其他都是地方军阀的傀儡，这也是南明在历史上无法得到承认的原因。